Bioinformatics Solutions

11/07/2026

Two open-source tools for anyone working in bioinformatics/network pharmacology
Hey everyone! Sharing two fully free, open-source pipelines I published recently (MIT licensed, DOI on Zenodo) - no course, no paywall, just documentation that anyone can use and adapt:

🌿 Network Pharmacology Cookbook (R) - full pipeline from raw GC-MS compound data to pre-docking candidate prioritization. Validated with plant extract data (Sphaeralcea angustifolia), but built to be adapted to any extract/disease of interest.
https://github.com/hierax00/network-pharmacology-cookbook

🧬 RNA-seq Analysis Cookbook for Bacteria - bacterial transcriptomics pipeline (QC → DESeq2 → functional annotation → network analysis), with specific notes for non-model organisms.
https://github.com/hierax00/rnaseq-bacteria-cookbook

Both are step-by-step on purpose - the goal is that someone with little prior experience can follow along and actually understand each decision, not just copy-paste code. Example data included so you can run everything end-to-end before plugging in your own.

I've been working in this space for a while now, so if you run into questions or get stuck on any step, feel free to reach out - happy to help.

Questions, critiques, and pull requests are all very welcome - genuinely trying to make these useful for whoever needs them 🙌

Reproducible R pipeline for network pharmacology analysis of plant extracts — from GC-MS data to pre-docking candidate prioritization - hierax00/network-pharmacology-cookbook

09/07/2026

03/07/2026

You found a bioinformatics pipeline on GitHub.

You followed every step.

Installed every package.

Ran every command.

But your results were completely different from those reported in the paper.

Sound familiar?

This is one of the biggest challenges in computational biology:

Why are so many bioinformatics pipelines not reproducible?

The problem usually isn't the science. It's the environment.

A typical pipeline depends on:

Raw data
→ Software versions
→ Package dependencies
→ Reference genome versions
→ Database updates
→ Operating system
→ Hardware configuration

Change just one of these...
..and your results can change.

Some of the most common reasons pipelines fail to reproduce are:

• Missing software version information
• Different package dependencies
• Outdated reference genomes
• Database updates over time
• Hard-coded file paths
• Lack of documentation
• No workflow management system
• Missing random seed initialization
• Incomplete preprocessing steps

Reproducibility isn't just about sharing code.

It's about sharing the entire computational environment.

That's why modern bioinformatics is moving toward:

Docker container
Conda environments
Git version control
FAIR data principles

A pipeline is only valuable if another researcher can run it and obtain the same biological conclusions.

In science, reproducibility is not a luxury.

It is the foundation of trust.

If you need reproducible bioinformatics pipelines, workflow development, or bioinformatics analysis services, feel free to contact me.

22/06/2026

Digital Solutions

20/06/2026

Python for Bioinformatics

19/06/2026

کیا آپ جانتے ہیں کہ آپ کے جسم کے تمام پروٹین صرف 20 بنیادی امائنو ایسڈز سے بنتے ہیں؟

🧬 ایک ارب سال سے زیادہ عرصے تک زمین پر موجود تمام جاندار تقریباً ایک ہی جینیاتی زبان استعمال کرتے رہے۔ اس زبان میں صرف 20 قدرتی امائنو ایسڈز شامل تھے، جن سے ہر قسم کے پروٹین بنتے تھے۔

یہ صورتحال ایسے تھی جیسے ایک مصور کے پاس صرف 20 رنگ ہوں اور اسے انہی رنگوں سے ہر شاہکار تخلیق کرنا پڑے۔

سائنسدان برسوں سے اس حد کو محسوس کر رہے تھے۔ بہت سی بیماریوں، پیچیدہ حیاتیاتی عمل اور جدید ادویات کی تیاری میں یہ سوال اہم تھا کہ اگر پروٹینز میں مزید کیمیائی خصوصیات شامل کی جا سکیں تو کیا ممکن ہوگا؟

اسی مسئلے نے Genetic Code Expansion کے شعبے کو جنم دیا، جس کا مقصد زندگی کی بنیادی زبان میں نئے "الفاظ" شامل کرنا ہے۔

اب سائنسدان صرف قدرتی امائنو ایسڈز تک محدود نہیں رہے بلکہ سینکڑوں نئے مصنوعی امائنو ایسڈز کو بھی پروٹینز میں شامل کرنے میں کامیاب ہو چکے ہیں۔

💡 دلچسپ حقیقت

آپ کے جسم میں موجود لاکھوں مختلف پروٹینز صرف 20 بنیادی امائنو ایسڈز کے مختلف امتزاج سے بنتے ہیں۔

🔍 تجسس پیدا کرنے والا سوال

اگر زندگی کی زبان میں مزید "حروف" شامل ہو جائیں تو کیا ہم مکمل طور پر نئے حیاتیاتی نظام بنا سکیں گے؟